محمدرضا باهنر نسبت به حمله‌ها علیه مذاکره انتقاد کرد و مذاکرات را موضوعی واجب برای تعیین تکلیف نتیجه جنگ توصیف کرد.
باهنر در گفتگو با یک رسانه اقتصادی، اظهار کرد: یک دفعه امام جمعه یک شهرستانی در کرمان گفت «اقا شما چرا دارید مذاکره می‌کنید؟» گفتم آقا شما ته مذاکره را می‌دانید چیست یا سر مذاکره را می‌دانید چیست؟
وی افزود: مذاکره ادامه جنگ است. هیچ جنگی در تاریخ الی‌الابد ادامه پیدا نکرده است؛ هر جنگ و حمله‌ای شروع شده است حالا یا ظالمانه بوده یا سفاکانه بوده، آخرش طرف حمله شده تسلیم شده یا مذاکره‌ای صورت گرفته و بده بستانی داشته‌اند؛ آتش‌بسی، صلحی یا ترک مخاصمه‌ای.
او ادامه داد: هیچ جنگی را شما سراغ دارید که الی‌الابد ادامه پیدا کند؟ حالا عده‌ای در میادین یک دفعه راه میفتند که آقا ما مذاکره نداریم؛ بیخود کردید که مذاکره ندارید. مذاکره اصلا ادامه جنگ است و نتیجه جنگ در مذاکره مشخص می‌شود.
باهنر تأکید کرد: تردیدی نیست که نیروهای مسلح ما باید دست به ماشه باشند و فرض آن‌ها این باشد که همین امشب دشمن حمله‌ای سراسری خواهد کرد، اما نیروهای مسلح ما باید آتش به اختیار نباشند و تحت امر مرکز تصمیم‌گیری کشور باشند.
وی عنوان کرد: اینکه بگوییم اصلا من مذاکره نمی‌کنم، جنگ جنگ تا اسرائیل نابود شود و آمریکا به خاک سیاه بنشیند، ایده‌آل ما است، اما نمی‌شود جنگ را همیشه ادامه داد.