برانکو ایوانکوویچ در مصاحبه‌ای از دوران حضورش در تیم ملی ایران تمجید کرده و صعود به جام جهانی ۲۰۰۶ را نتیجه‌ای بی‌سابقه دانسته است. او همچنین به قهرمانی بازی‌های آسیایی و پیروزی برابر کره جنوبی اشاره کرده؛ تیمی که چند ماه قبل از آن چهارم جهان شده بود.
بخش زیادی از حرف‌های برانکو درست است. او نتایج خوبی گرفت و کاری را به سرانجام رساند که استادش، میروسلاو بلاژویچ، در سال ۲۰۰۲ نتوانسته بود انجام دهد. با این حال، صعود به جام جهانی ۲۰۰۶ را نمی‌توان لزوماً حماسی‌تر از صعود تاریخی ایران در سال ۱۹۹۸ دانست؛ به‌ویژه آنکه سهمیه آسیا از ۳٫۵ تیم در دوره ۱۹۹۸ به ۴٫۵ تیم در دوره ۲۰۰۶ افزایش یافته بود.
اما مسئله اصلی، اتفاقاتی است که پس از صعود و در آستانه جام جهانی رخ داد. درگیری بی‌پایان سازمان تربیت بدنی و فدراسیون فوتبال، فضای تیم ملی را ملتهب کرده بود.
محمد دادکان نیز با حملات رسانه‌ای خود به این تنش‌ها دامن می‌زد و برانکو، به‌جای حفظ خویشتن‌داری و دور ماندن از دعواهای مدیریتی، عملاً وارد همان فضای پرتنش شد. نتیجه آن بود که منتقدان در روزنامه‌های ورزشی حملات تندی علیه او ترتیب دادند و حاشیه‌ها بر تیم ملی سایه انداخت.
برانکو در مدیریت تیم ملی برای حضور در جام جهانی هم بی‌نقص نبود. بدترین روزهای دوران ملی علی دایی در آلمان رقم خورد و ماجرای نیمکت‌نشینی او به یکی از حاشیه‌های مهم آن مسابقات تبدیل شد.
رفتار جنجالی یک ملی پوش و لگد زدن به کیف وسایل پزشکی تیم نیز نشانه دیگری از فضای ملتهب تیم ملی بود؛ اتفاقاتی که پرسش‌هایی جدی درباره مدیریت رختکن و کنترل بحران ایجاد می‌کرد.
با این همه، نمی‌توان برانکو را سرمربی ناموفقی دانست. نتایج او در تیم ملی و سپس قهرمانی‌های متعددش با پرسپولیس، جایگاه قابل‌توجهی در کارنامه‌اش ایجاد کرده است. اما موفقیت‌های بعدی، ضعف‌ها و اشتباهات او را در جام جهانی ۲۰۰۶ پاک نمی‌کند.