در اواخر تیر سال ۱۳۸۸ زلاتکو کرانچار به ایران آمد تا هدایت پرسپولیس در نهمین دوره رقابت‌های لیگ برتر را بر عهده بگیرد. حضوری که البته به پایان فصل هم نرسید.
کرانچار از نظر فنی مربی توانمندی بود اما طی دوران کار در امارات و اروپا حاشیه‌هایی پیرامون او مطرح شده بود و حتی می‌گفتند یک بار در دبی به خاطر مصرف زیاد مشروبات الکلی از اتوبوس تیمش جا مانده! این موارد دست به دست هم داد تا ۳ مرداد سال ۱۳۸۸ گزارشی اختصاصی پیرامون تعهد گرفتن باشگاه پرسپولیس از کرانچار منتشر کنیم. پرسپولیسی‌ها از مرد کروات قول گرفته بودند که در ایران به قوانین و اصول فرهنگی احترام بگذارد و کسی او را در حالت مستی نبیند. البته کرانچار بعدها مدعی شد این حرف‌ها شایعه بوده و برایش حرف درست کرده‌اند.
این مربی هفته اول دی ۱۳۸۸ از سرمربیگری پرسپولیس برکنار شده و جای خود را به علی دایی داد.