علی دایی اسفند ۱۳۸۶ به عنوان سرمربی تیم ملی فوتبال ایران انتخاب شد و تا نهم فروردین ۱۳۸۸ این سمت را در اختیار داشت. پستی که به واسطه شکست خانگی برابر عربستان از او گرفته شد.
دایی در دوران ریاست علی کفاشیان بر فدراسیون فوتبال سرمربی تیم ملی شد و قضیه اخراج او هم در دوره همین رئیس به وقوع پیوست اما کفاشیان در ۹ شهریور ۱۳۸۸، دقیقا به فاصله ۵ ماه بعد از برکناری علی دایی ادعای عجیبی را مطرح کرد و گفت: من اشتباه کردم؛ اگر زمان به عقب برگردد دیگر حاضر نیستم به علی دایی حکم سرمربیگری تیم ملی بدهم. دایی بازیکن خیلی بزرگی بود و برای ایران افتخارات فراوانی آورد اما به لحاظ مربیگری تجربه کافی جهت هدایت تیم ملی را نداشت.
نکته مهم اینجاست که علی دایی بعدتر طی مصاحبههای خود بارها مدعی شد فدراسیون فوتبال هیچ نقشی در انتصاب او به سمت سرمربیگری تیم ملی نداشته و برکناری این مربی نیز با نظر محمود احمدینژاد، رئیسجمهور وقت بود نه مدیران ارشد فدراسیون فوتبال!