پس از نتایج ضعیف استقلال در هفتههای آغازین هفدهمین دوره رقابتهای لیگ برتر و کنارهگیری علیرضا منصوریان، مدیران وقت باشگاه استقلال به صرافت جذب یک سرمربی جدید افتادند.
طبق روال عادی، پس از استعفای منصوریان شایعات بسیار زیادی پیرامون انتخاب جانشین او مطرح شد اما ۵ مهر ۱۳۹۶ رسانهها از مذاکرات پنهانی مدیران استقلال با وینفرد شفر، سرمربی آلمانی تیم ملی کامرون در جام جهانی ۲۰۰۲ خبر دادند. مردی که سابقه حضور در لیگ حرفهای امارات و همچنین کار کردن با تلویزیون الجزیره قطر به عنوان کارشناس را هم یدک میکشید.
در ابتدا مدیران آبی از این گفتوگوها ابراز بیاطلاعی کردند اما چند روز پس از آن قضیه حضور شفر در استقلال قطعی شد و او به تهران آمد.
این مربی آلمانی تا اواسط بهار ۱۳۹۸ هدایت استقلال را بر عهده داشت و با این تیم توانست در بهار سال ۹۷ قهرمان جام حذفی شود. او همچنین به تنها مربی تاریخ استقلال مبدل گردید که سه مرتبه متوالی الهلال عربستان را شکست داده است.
شفر در لیگ هجدهم نتایج مقتدرانهای نگرفت و لیگ را همراه با جام حذفی از دست داد تا برکنار شود و از استقلال به فیفا شکایت کند.