برانکو ایوانکوویچ در پاییز سال ۱۳۸۱ پس از قهرمان کردن تیم ملی امید ایران در بازی‌های آسیایی ۲۰۰۲ پوسان دیگر حاضر به ماندن در سمت خود نشد چون بر سر مبلغ قرارداد و البته شرح وظایف با فدراسیون اختلاف نظر پیدا کرده بود.
برانکو تاکید داشت صرفا سرمربی تیم ملی بزرگسالان باقی می‌ماند و تیم امید باید یک سرمربی جدید داشته باشد. او همچنین رقمی را می‌خواست که فدراسیون حاضر به پرداخت آن نشد و همایون شاهرخی جانشین مرد کروات گردید ولی نتایجش در راه رسیدن به جام ملت‌های ۲۰۰۴ برای جامعه فوتبال راضی‌کننده نبود.
نارضایتی کارشناسان از شاهرخی، ابتدای مهر سال ۸۲ پس از شکست خارج از خانه ما مقابل اردن به اوج خود رسید و سازمان تربیت بدنی به فدراسیون فوتبال فشار آورد تا حتما تغییراتی اعمال کند. در این وضعیت برانکو بهترین گزینه بود و محمد دادکان، رئیس وقت فدراسیون فوتبال دوباره با او وارد مذاکره شده و توانست رضایتش را جلب کند تا به ایران بازگردد.
اگرچه توافقات شفاهی چند روز قبل حاصل شده بود ولی در ۱۲ مهر ۱۳۸۲ این مربی کروات رسما دوباره هدایت تیم ملی ایران را بر عهده گرفت و مدعی شد رویایش قهرمان شدن ایران در جام ملت‌های ۲۰۰۴ و رسیدن به جام جهانی ۲۰۰۶ است.
ایران با برانکو به جام جهانی ۲۰۰۶ صعود کرد اما در جام ملت‌های ۲۰۰۴ به واسطه اتفاقات عجیبی که هنگام برگزاری جدال نیمه نهایی رخ داد، در نهایت به مسابقه رده‌بندی رفت و سوم شد.